与新设投资方式相比，并购投资有如下缺点：
一、并购投资的成本一般会高于新设投资。这是因为在并购投资中投资公司交易的不是普通商品，而是资本，而资是有价值积累功能的，故并购成本会高于新设投资的购建成本。
二、并购后一般需要对目标公司进行改造扩建，会有追加投资的问题。这是因为目标公司的机器设备往往都是陈旧的，一般不能满足投资公司生产新产品或者产品升级的要求。
三、并购投资受反垄断法的规限。这是因为并购投资无论是资产并购还是股权并购，都会导致经营者的集中，都会导致竞争的削弱，因此受到反垄断法的限制。
四、成功率低。新建是一种资本的投放，只要有资源多数可以完成，而并购是一种交换，而且是关于资本的交换，故必然成功率低下。有人提出并购的成功率不足百分之五十。如果并购不成功，投资公司就会白白支出许多人力和物力以及时间。
由于目标公司的情况不同，投资公司的需求不同，各个并购项目表现出的特点也不尽相同，实务者应当具体案件具体对待。讨论并购投资方式与新设投资方式相比的优缺点，对于我们正确选择投资方式具有重要的意义。