从实务中看，与资产并购相比，股权并购存在如下主要缺点：
一、由于并购前后目标公司作为民事主体是持续存在的，因而有关民事权利义务是延续的，因此，基于出让方披露不真实、不全面，导致目标公司遭受或然负债使投资公司遭受间接损失的风险比较普遍的存在。这是股权并购重要的风险，也是一个最难防避的风险。而资产并购由于新设公司或者分公司作为经营平台，因此除合同有约定外不存在继承问题，因此一般不存目标公司或然负责的风险。
二、由于目标公司与员工之间的劳动合同继续有效，并购后往往面临目标公司冗员的处理，这不仅容易緝化劳资矛盾，而且会增加目标公司的经济负担。而在资产并购的情况下，新设的企业平台不存在冗员的问题。
三、并购程序复杂，受让股权需要征得目标公司存续股东的同意，修改目标公司的章程需要与存续股东进行谈判，为防避或然负债，需要进行大量的尽职调査工作，因此股权并购的工作成本要比资产并购高。
四、并购后的整合难度大，投资公司对目标公司行使管理权的阻力大。在股权并购的情况下，投资公司往往仅能向目标公司派人主要负责人和关键岗位的管理者，目标公司的组织结构，人际关系，文化习惯等依然存在，因此对目标公司的整合会遇到困难。在投资公司非并购目标公司全部股权特别是仅为相对控股的情况下，并购后的整合及投资公司对目标公司行使管理权会遇到更大的困难。而在资产并购的情况下，投资公司新设企业平台，不会存在前述现象，因此整合容易得多。有人为了说明股权并购后对目标公司的整合和行使管理权的难度，形象地将股权并购比喻为“嫁姑娘”，意思是说投资公司是到人家过日子，而把资产并购比喻为“娶媳妇”，意思是说目标公司的资产到投资公司家中来。
正确认识股权并购的优缺点，有利于在实务中扬长避短，更好地使用股权并购的投资方式。