追究股东出资瑕疵责任，无论其具体责任性质如何，应当根据请求权的基础确定是否受诉讼时效限制。单纯的债权请求权一般受诉讼时效限制，但如果基于投资关系形成的请求权，由于此种投资关系的持续性以及稳定性，则不应当适用诉讼时效制度，不受诉讼时效限制。根据最高人民法院《关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》第1条的规定，基于投资关系产生的缴付出资请求权不适用诉讼时效，不受诉讼时效的限制，当事人不能以诉讼时效经过抗辩此种责任。从这一司法解释来看，基于投资关系产生的缴付出资请求权，不适用诉讼时效制度，但是基于投资关系产生的其他请求权，是否适用诉讼时效制度无从规定。
根据以上分析可知，如果其他已经足额缴纳出资的股东对出资不实的股东主张违约责任，其对应的请求权虽然是因投资关系而产生，但其基础关系仍然是违约责任，其请求支付违约金的请求当然适用诉讼时效。如果是公司对其主张足额缴纳出资责任以及债权人要求其在出资瑕疵范围内承担补充赔偿责任，则其请求权是基于投资关系而产生，均不应受诉讼时效的限制。